国际问题研究院下设的相关研究中心主办集刊3种，包括：
美国研究中心主办《美国问题研究》（Fudan American Review）（CSSCI来源集刊）；
韩国研究中心主办《韩国研究论丛》（Chinese Journal of Korean Studies）（CSSCI来源集刊）；
中国与周边国家关系研究中心主办《中国周边外交研究》（Journal of China’s Neighboring Diplomacy）。
此外，日本研究中心编辑出版《日本研究集林》（Journal of Japanese Studies）（上海市连续性内部资料）。
国际问题研究院自2014年1月以来，每年公开发布《复旦国际战略报告》（Fudan International Strategy Report）。
美国研究中心自2014年以来，每年出版《中美关系战略报告》（Strategy Report on Sino-U.S. Relations）。
中国与周边国家关系研究中心自2016年以来，每年出版《中国周边外交研究报告》（Research Report on China’s Neighboring Diplomacy）。
俄罗斯中亚研究中心自2019年以来，每年出版《俄罗斯欧亚研究》（Russian and Eurasian Studies）。
国际问题研究院及下设研究中心主办的“丛书”包括：
“复旦大学国际问题研究丛书”（IIS Fudan Series on International Studies）
“21世纪的美国与世界丛书”（Series on the United States and the World in the 21st Century）
“复旦日本研究丛书”（Fudan University Series on Japanese Studies）
“冷战后的日本与中日关系研究丛书”（Series on Japanese Studies and Sino-Japanese Relations）
“复旦大学中国周边外交研究丛书”（Fudan University Series on China’s Neighboring Diplomacy Studies）
“复旦联合国研究丛书”（Fudan United Nations Studies Series）
