日本研究中心成立于1990年7月，根据中日关系的特点以及上海作为我国经济中心的实际，确立了以日本经济和中日经济关系为主攻方向，同时对日本政治外交、中日美关系、中日人文交流等开展综合性研究。

　　中心现有教授3人，副教授3人，行政人员2人，校内外兼职研究员80余名，并聘请日本、美国、韩国等国著名学者、实业家担任顾问教授。中心图书室收藏日文图书杂志6万余册，多为重要工具书及经典著作。中心1991年创办定期刊物《日本研究集林》（半年刊），为我国南方唯一一份综合性日本研究的专门学术杂志。

　　中心科研人员代表性成果收录于《复旦日本研究丛书》，已出版20余册；累计发表中、日、英文学术论文150余篇（CSSCI）；截至2017年共举办大型国际学术研讨会28次，出版会议论文集25本；作为首席专家承担国家社科基金重大攻关项目1项，教育部哲社重大课题攻关项目2项，省部级及日本政企团体委托课题30余项。中心积极参与智库建设，与日方学者联合撰写年度《中日关系战略报告书》，与商务部、中联部等中央部委密切配合，建言献策。

　　中心培养日本研究方向的博士、硕士研究生80余名，其中有来自日本、韩国、美国、东南亚及欧洲的学生。中心也为国外访问学者等提供条件。

　　中心与日本东京大学、京都大学、早稻田大学、庆应大学、成蹊大学等著名高校建立了密切的学术交流关系。与日本国际交流基金、卫材株式会社、三井物产、三菱商事等多年来形成密切的交流与合作关系。复旦大学池田大作思想研究中心靠挂于本中心。

　　中心拥有二级域名网站（http://www.jsc.fudan.edu.cn/），并持续更新中心动态、研究成果等最新信息。