复旦大学巴基斯坦研究中心成立于2009年，由巴基斯坦政府与复旦大学合作共建、中巴双方共同领导。中心是我国最早建立的专门从事巴基斯坦研究的学术机构之一，也是中国—巴基斯坦联合智库发起单位之一，还是“巴中商务论坛”中方承办单位和组织者之一。

　　中心的主要研究方向是：冷战结束后的南亚政治、经济、外交和地区安全；中国与南亚国家的关系，重点为中巴关系及中巴经济走廊建设；美国对南亚的政策等。中心现有专职研究人员4人，其中教授（研究员）3人、副教授1人，章节根任中心主任（2024年3月起）。中心聘请5名中国前驻巴大使、巴基斯坦前驻华大使为高级顾问，并聘请复旦大学校内外近10名南亚和巴基斯坦问题专家为特邀研究员。

　　中心成立以来，致力于打造深入研究巴基斯坦和中巴关系的智库、广泛开展中巴人文交流与合作的平台、积极培养相关科研与教学人才的基地以及全面了解巴基斯坦和中巴友谊的窗口。中心积极开展决策咨询，应邀参加中央有关部委专家会议，提供政策研究报告等，多次受到中巴双方政府部门的表扬和肯定；接待巴基斯坦前后两任驻华大使5次到访，每年邀请巴退休外秘（常务副外长）、前驻华大使或资深专家学者作高级访问学者，与巴基斯坦多所大学和研究机构建立交流与合作关系；培养巴基斯坦研究方向的硕士研究生，开展相关课题研究，先后4次选派复旦大学12名学生赴巴进行为期4个月的学习；举办国内和国际研讨会，开设有关中巴经济走廊的讲座，组织江浙沪皖等地的企业家赴巴开展商务合作，安排复旦师生赴巴短期参观访问等。

　　中心的工作受到中巴双方的高度重视和积极支持。2014年5月20日，巴基斯坦总统马姆努恩·侯赛因到访，中国驻巴大使孙卫东和巴基斯坦驻华大使哈立德陪同。2017年，巴基斯坦高等教育委员会和中国高等教育学会联合发起建立中巴经济走廊大学联盟，决定将其秘书处设在复旦大学。联盟筹划伊始，中心即积极参与，并起草了联盟章程，今后将承担联络等部分具体工作。中心的努力工作产生了积极而重要的影响，多次收到我国外交部、驻巴大使馆和巴基斯坦计划发展与改革部、驻华大使馆的感谢函，并受到中巴友协的肯定和表扬。