复旦大学国际问题研究院曾组织编写“复旦大学国际问题研究丛书”（IIS Fudan Series on International Studies）。2005年12月至2013年10月，“复旦大学国际问题研究丛书”出版著作或译著12部，皆由上海辞书出版社出版。

复旦大学美国研究中心组织编写“21世纪的美国与世界丛书”（Series on the United States and the World in the 21st Century）。2014年至2021年，该丛书出版著作8部，皆由复旦大学出版社出版。该丛书旨在深入研究进入21世纪以来美国在政治、经济、社会、文化等诸方面的发展变化，美国在世界上的地位和影响力的变化，美国与世界关系的变化，以及这些变化所带来的复杂影响。

复旦大学日本研究中心组织编写“复旦日本研究丛书”（Fudan University Series on Japanese Studies）。1990年至今，该丛书已出版60余部著作，对于提升中国的日本研究水平、推动中日学术交流发挥了积极作用，取得了良好的社会反响。

复旦大学日本研究中心组织编写“冷战后的日本与中日关系研究丛书”（Series on Japanese Studies and Sino-Japanese Relations）。2015年至今，该丛书已出版5部著作。以冷战结束为分际，日本的政治、经济、社会意识等均发生了深刻变化，并对中日关系产生了重大而深远的影响。该丛书旨在对冷战后日本及中日关系的变化及未来趋势进行系统而深入的学理研究。

复旦大学朝鲜韩国研究中心组织编写“复旦大学韩国研究丛书”（Fudan University Series on Korean Studies）。1995年至2012年，该丛书出版29部著作。

复旦大学中国与周边国家关系研究中心组织编写“复旦大学中国周边外交研究丛书”（Fudan University Series on China’s Neighboring Diplomacy Studies）。2014年至2022年，该丛书已出版11部著作。该丛书的主旨在于对中国周边外交进行原创性、理论性、前沿性、战略性、实践性的研究，为中国周边外交作贡献。

复旦大学联合国与国际组织研究中心组织编写“复旦联合国研究丛书”（Fudan United Nations Studies Series），由时事出版社出版。2010年至2022年，该丛书出版著作12部。